רבי יהודה הנשיא שיקע במשנה את ה"משניות" של תלמידי רבי עקיבא, ובמרכזן את "משנת רבי מאיר". אחת הבעיות השנויות במחלוקת במחקר היא באיזו שיטה ערך רבי את המשנה: האם עסק רק בסידור ובשיבוץ החומר שמצא או שמא שינה את תכניו וברר בין דעות שונות.
חנוך אלבק, מחוקרי המשנה המובהקים, טוען: "עורך המשנה לא שינה ולא סירס ולא קיטע את החומר שהיה לפניו אלא קבע אותו במשנתו כמו שקיבלו" (מבוא למשנה, עמ' 102). הוא הוכיח את דבריו על סמך העובדה שחלק מקובצי ההלכות במשנה לא שובצו במסכת המתאימה להם מבחינת הנושא הנידון בהם. דוגמאות אחדות לכך: צירופן יחד של תקנות רבן יוחנן בן זכאי במסכת ראש השנה (ד, א-ד), למרות שרק הראשונה שבהן נוגעת לראש השנה; צירופן של משניות על פי שמות אומריהן, כמו דברי אדמון וחנן דייני גזרות שהיו בירושלים (כתובות יג, א-ט); צירופן של משניות על פי תבנית לשונית, כמו למשל: "אין בין... אלא" (מגילה א, ג-יא), או "כל" (קידושין א, ו-י). לטעמו של אלבק, אם אכן רבי יהודה הנשיא היה משַנה דבר במשנה, היה קובע כל משנה במקומה במסכת המתאימה לה. עוד טוען אלבק לחיזוק דבריו, שלעתים מוצאים אותה הלכה במסכתות שונות, ויתרה מכך, אותן משניות מצויות במסכתות שונות בשינוי צורה ובשינויי תוכן. לפיכך מסקנתו היא שרבי יהודה הנשיא העתיק את המשניות שנתקבלו בבתי המדרשות השונים כלשונן, ללא הכנסת דעותיו.
לעומתו טוענים חוקרים אחרים של הספרות התלמודית, כמו אפשטיין, אורבך והלבני, שהמשנה אינה עשויה מעור אחד. יש הלכות שרבי יהודה הנשיא לא שינה בהן דבר, כפי שאלבק מוכיח, אולם הלכות אחרות הוא עיבד וסגנן. אפשר להוכיח זאת למשל באמצעות השוואה לתוספתא - קובץ מקביל למשנה. לפעמים רבי יהודה הנשיא ניסח את המשנה על פי דעתו בלי לציין זאת, כפי שניתן להיווכח מכך שהיא מופיעה בתוספתא בשמו, או שנה דברי חכם יחיד בלשון "חכמים אומרים", ועל ידי ייחוסם לחכמים רבים, נתן להם תוקף. רבי גם הביא הלכה במשנה בסתם, כלומר בלי לציין את שמו של התנא, ולעתים הביא הלכה אחרת באותו עניין וסתם אותה על פי דעתו של תנא אחר. ניתן גם להוכיח שבמשנה זו או אחרת השמיט רבי יהודה הנשיא חלקים מהמקור שהיה לפניו או צירף יחד שני מקורות. בחלק מהמקרים שבהם היו שתי דעות לגבי עניין מסוים, שינה רבי את הנוסח המקורי, בעיקר של הדעה החולקת על דעתו שלו. למשל, סביר להניח שבנוסח המקורי אמר החולק יותר ממלה אחת, ואילו במשנה כמות שהיא לפנינו דעתו מצטמצמת ומתקצרת לכדי מלה אחת, כגון "חייב" או "פטור", "טהור" או "טמא". לפעמים גם סיכם רבי יהודה הנשיא את דברי החולק והביא אותם מעיקרם שלא בלשונו, כמו לדוגמה, "אבא שאול אומר חילוף הדברים [הדין הפוך]" (משנה, גיטין ה, ד), אבא שאול לא אמר "חילוף הדברים", וחותם המשנה הוא שניסח זאת כך. יחד עם האמור, עדיין ניכרים מקורותיה המגוונים של משנת רבי יהודה הנשיא בהבדלי הסגנון ובדרכים השונות של הבאת הדברים, לעתים אפילו במסכת אחת ובפרק אחד.
בעיה נוספת המשתלשלת מהבעיה הראשונה, אם רבי הכניס שינויים בנוסחים קיימים, היא האם סודרה המשנה בעת עריכתה בתור קודקס משפטי או כאנתולוגיה של הלכות. כפי שכבר צוין, קודקס משפטי במובן המודרני כלל לא היה קיים באותה תקופה, וגם בחוק הרומי היו רבדים ודעות חלוקות. לדעת אלבק, המשנה היא ילקוט, כלומר אוסף לתורה שבעל פה. הדבר נובע כמובן מטיעונו שרבי יהודה הנשיא לא שינה דבר במשנה. אפשטיין ואורבך טוענים לעומתו כי רבי יהודה הנשיא אמנם נקט דרך של איסוף הלכות, אבל לא הניח את ידו גם מחקיקה. אורבך מגדיר את המשנה בתור קאנון משפטי. לדעתו, בעצם מעשה המבחר והצירוף שאף רבי יהודה הנשיא לגוון את משנתו ולתת בה ייצוג לאסכולות הלכתיות שונות. במעשה זה נוצרה הכרעה, נוצר קאנון שעל פיו הוערכו המקורות התנאיים האחרים ונתגבשה חתימה, שכן אחרי ימי רבי יהודה הנשיא כמעט שלא הוסיפו חומר חדש למשנה. הקובץ של רבי יהודה הנשיא נעשה למשנה בה"א הידיעה, וקבצים ודברי הלכה אחרים של תנאים הפכו לברייתות [חיצוניות; כך כונו הלכות של תנאים שלא נכללו במשנתו של רבי יהודה הנשיא, קצתן נתלקטו בתוספתא, קצתן מפוזרות בתלמודים, וקצתן כונסו בקובצי ברייתות שלא הגיעו לידינו].
סיכומו של דבר, השאלה אינה מה התכוון רבי יהודה הנשיא להשיג, אלא מה השיג בפועל, וזה הבסיס המשותף של ההלכה. במהלך דור או שניים לאחר מותו של רבי נוצרו קבצים תנאיים נוספים, התוספתא ומדרשי ההלכה, אולם המשנה היא המצע הן של התלמוד הירושלמי, הן של התלמוד הבבלי.
המשנה שחתם רבי יהודה הנשיא כוללת הלכות בלבד (פרט למסכת אבות). אמנם יש בה גם קטעים של דברי אגדה, אך הם ספורים, וחלקם נוספו בדורות מאוחרים יותר, כמו לדוגמה המשנה האחרונה במסכת סוטה (ט טו). לעתים נדירות המשנה סמוכה לפסוק, ויש סבורים כי משניות כאלה, המצטטות פסוק מן המקרא, הן קדומות ונוסחו כבר בימי הבית. בחלק מהמקרים שרבי יהודה הנשיא שינה את הנוסח המקורי במשנה, היתה מטרתו לתת תוקף לדברי תנא אחד על פני רעהו. כמו כן הוא הראה את רצונו לתת סמכות לדברים שהביאם בסתם, כלומר בלי לציין את שם התנא, או לציין דברי תנא זה או אחר בתור דעת הרבים - בלשון "חכמים אומרים" או "דברי חכמים". במקרים כאלה הכריע למעשה רבי יהודה הנשיא בקביעת ההלכה.
כללים נוספים לקביעת ההלכה המוזכרים בתלמוד, כגון "רבי מאיר ורבי יהודה – הלכה כרבי יהודה" (ירושלמי, תרומות פ"ג, מב ע"א, טור 228; בבלי, עירובין מו ע"ב, ועוד), אינם נובעים מפועלו של רבי יהודה הנשיא בעריכת המשנה וחתימתה, והם נמנים עם קביעותיהם של האמוראים חכמי התלמוד. אולם רבי יהודה הנשיא תרם לאפשרות לקבוע אותם על ידי שהביא דברים בלשון אומרם ולא בלשון הרווחת בתלמוד. לדוגמה, כאשר התלמוד מביא מחלוקת בין רבי מאיר לבין רבי יהודה בעניין מסוים, ומציין רק כי "[א]חד אמר" כך "ו[א]חד אמר" אחרת. במקרים כגון זה, שבהם אין לדעת מה בעצם דעתו של רבי מאיר ומהי דעתו של רבי יהודה או מהי דעתם של תנאים אחרים, הכללים שטבעו האמוראים עצמם אין בהם סיוע לקביעת ההלכה.
יוקרתו וסמכותו של רבי יהודה הנשיא היו רבות כל כך, שעם חתימת המשנה היא התפרסמה ברבים וקיבלה תוקף מיידי, ולכן נסתיימה באחת תקופת התנאים. אחת הסיבות להתקבלותה של המשנה ללא עוררין נעוצה ודאי בכך שרבי יהודה הנשיא לא הביע בה את דעתו האישית, אלא בחר בדעה שהיתה מקובלת ומוסכמת בקרב החכמים בני התקופה. בכך יש להסביר את המיעוט היחסי של הופעת דברי רבי יהודה הנשיא עצמו במשנה, ואת קביעת התלמוד בפעמים שבהם דעת המשנה נוגדת את דעתו של רבי יהודה הנשיא עצמו, ש"מתניתין דלא כרבי" (בבלי, עירובין לה ע"א), כלומר ש"משנתנו שלא [כדעת] רבי". הדבר נובע מכך שמתברר כי מטרתו של רבי יהודה הנשיא היתה לחבר משנה שתחתום את כל ה"משניות" שקדמו לו בתקופת אושה, ושתכלול את הדעות הקובעות בכל ה"משניות" ולאו דווקא את דעתו שלו. השגת מטרה זו הביאה לעליונותה של המשנה שנחתמה בידי רבי יהודה הנשיא, ובד בבד לסיומה, כאמור, של תקופת התנאים מחברי המשנה.
עניין נוסף השנוי במחלוקת במחקר הוא האם רבי יהודה הנשיא העלה את המשנה על הכתב או שהיא נשארה בגדר תורה שבעל פה. סקירה מדוקדקת על המשנה, שערך יעקב זוסמן, מביאה להעדפת הסברה שרבי יהודה הנשיא לא כתב את המשנה, והיא המשיכה להישאר תורה שבעל פה. לדעתו, תרבותם של חז"ל היתה תרבות אוראלית מובהקת, והם נמנעו מלהעלותה על הכתב. על מנת לשמר את נוסח המשנה ולהעלותו בפני האמוראים כדי שאלה יוכלו לדון בה, התפתח מקצוע ה"תנאים"; מלה זו, שבתקופת המשנה ציינה את החכמים, קיבלה בתקופת התלמוד משמעות אחרת, והיא ציינה מעתה את בעלי הזיכרון שידעו למסור בעל פה את המשנה או חלקים ממנה. התנאים הללו היו בדרך כלל אנשים צעירים שלא באו משורות החכמים ולא בהכרח היו בעלי בינה, אלא הצטיינו בזכרונם. עצם קיומו של עיסוק כזה בתקופת האמוראים בארץ ישראל ובבבל, מוכיח שהמשנה לא הועלתה על הכתב על ידי רבי יהודה הנשיא ואף לא בתקופת האמוראים. יש לציין כי גם בתרבויות אחרות בעולם העתיק היו מקובלות יצירה ומסירה של ספרות ענפה בעל פה.
היצירה התנאית היחידה שלגביה היתה הקפדה ושמירה דייקנית על אחידות הנוסח היתה משנתו של רבי יהודה הנשיא. בעוד שלא נותר כל זכר לספר הלכה כתוב כלשהו מתקופת האמוראים, הרי שבתקופת הגאונים, במאה השמינית, כבר מתייחסים כדבר מובן מאליו להימצאותם של ספרי משנה ותלמוד בכתב. המעבר מתרבות אוראלית לתרבות כתובה התרחש אם כך בבבל בימים העלומים למדי שבין תקופת האמוראים לבין תקופת הגאונים, כלומר בין המאות החמישית לשמינית.
מעמדה המיוחד של המשנה בא לה בזכות אישיותו הדומיננטית של רבי יהודה הנשיא, בעטיין של הנסיבות המדיניות והכלכליות הנוחות בתקופה שבה פעל, בשל רצונו של רבי למסור את הדעה המקובלת והמוסכמת, בשל תמציתיותה ובשל היותה יצירה ספרותית מובהקת, המצטיינת במבנה שיטתי אחיד. כך תמצתו אמוראי ארץ ישראל את מעמדה של המשנה: "עמוד ברזל – משנה" (ויקרא רבה כא ה, מהדורת מרגליות, עמ' תפא).
קראו עוד:
יצירתו הספרותית - המשנה : מהותה של המשנה
יצירתו הספרותית - המשנה : שישה סדרי משנה
יצירתו הספרותית - המשנה : בין הלכות המשנה לבין חוקי התורה
יצירתו הספרותית - המשנה : תהליך עריכת המשנה
יצירתו הספרותית - המשנה : שיטת רבי בסידור המשנה (פריט זה)
יצירתו הספרותית - המשנה : לשון המשנה ויחסו של רבי לעברית