משפחת הכוהנים שעמדה בראש מרד המכבים, ואחריו - עם השגת העצמאות - בראש השלטון ביהודה (37-167 לפני סה"נ) עד שהוא ניטל הימנה בהדרגה על ידי הרומאים. ראשיתו של בית חשמונאי עטורה זוהר התהילה של מרד המכבים בראשותם של מתתיהו וחמשת בניו. כושר מנהיגותם של החשמונאים והזדהותם הגמורה עם מטרות המלחמה של העם הבטיחו את נצחונה של יהודה על המעצמה הסורית-היוונית ואיפשרו לחשמונאים - עם התפוררותה המודרגת של מלכות סוריה - להפוך מחוז אוטונומי למדינה עצמאית. הם השתלטו על מרביתה של ארץ-ישראל והאחידוה מחדש מבחינה לאומית באמצעות התיישבות יהודית וגיור אוכלוסים אחרים. היהודים, שישבו עד אז בארץ בעיקר במחוז אחד, שבו להיות עם רב, בעלי חיי רוח עשירים, עוררו עניין ותשומת לב בקרב העמים והשפיעו על התפתחות התרבות האנושית. אולם כבר בראשית התבססותה של המדינה החלו השליטים מבית חשמונאי ללכת בדרכי השליטים הנוכריים של אותה תקופה. קיבלו גינוני מלכים הלניסטיים שונים, נשענו על צבא שכירים זר, ניסו לצמצם, ולעיתים אף לבטל, את השפעת הפרושים והיסודות העממיים-הלאומיים האחרים ועוררו ריב פנימי קשה בקרב העם.
מצב זה, נוסף על המריבות שפרצו גם בקרב בני משפחת החשמונאים עצמה, החלישו את כושר התגוננותה של המדינה. ואמנם משבאה רומי, המעצמה האדירה החדשה, להטיל את מרותה על האיזור, נפלה יהודה לפניה כמעט ללא התנגדות.

בתחילת המרד עמד בראשו מתתיהו, כוהן ממודיעין. משמת לאחר זמן קצר ירש את מקומו בנו יהודה (161-166 לפני סה"נ) ובכושר מנהיגותו עורר הערצה בלב פיקודיו והוליך אותם לניצחונות על הצבאות הסדירים של רומי. הדגיש את ערך רוח הלחימה, וחינך את אנשיו לתנועה מהירה בשטח, לכושר ניידות כגורם מכריע במלחמה, לסבילות ולתעוזה. תוך מהלך המרד השתלט על הרי יהודה. שם מצור על חיל המצב הסורי בירושלים וחנך מחדש את בית המקדש המחולל. בכל הקרבות שניהל יצא כמנצח, עד שנפל בקרב מצפון לירושלים. במקומו בא אחיו יונתן (142-161 לפי סה"נ). אחרי מות יהודה אסף אליו למדבר את הלוחמים שנותרו וחיכה לשעת כושר. זו נזדמנה לו כאשר נתגלעו סכסוכים פנימיים בסוריה. אז הגיח עם אנשים מן המדבר, השתלט מחדש על יהודה והרחיב את גבולה מערבה וצפונה. לבסוף נאלצו הסורים-היוונים להכיר בו ככוהן גדול. יונתן נרצח ויורשו היה אחיו שמעון (135-142 לפני סה"נ), שהוסיף והרחיב את גבולה של יהודה בעמק החוף. לאחר שיהודה הוכרה כמדינה עצמאית, אישרה אסיפת העם את שמעון ואת צאצאיו לכוהנים גדולים, מצביאים ונשיאים.

לאחר רצח שמעון בידי חתנו תלמי (135 לפני סה"נ) עלה לשלטון בנו, יוחנן הורקנוס (104-135 לפני סה"נ). הוא השתחרר מכל תלות בסורים-היוונים ואף הרחיב את גבולות המדינה, כבש את שומרון, הגליל הדרומי וחלקים של הגלעד ומואב. הוא המריץ התיישבות יהודים בגליל ובעבר הירדן וכפה את האדומים להתגייר. בימי שילטונו מסתמנת נטיית החשמונאים להתבוללות תרבותית בקרב היוונים. עדות לכך הוא גם השם היווני שהוסיף לשמו העברי (הורקנוס). בדרך זו הלכו גם בניו, אף הם כובשים כמותו: יהודה אריסטובלוס ואלכסנדר ינאי. יהודה אריסטובלוס (103-104 לפני סה"נ) כבש את הגליל העליון ואילץ את תושביו להתגייר. הוא היה הראשון מבין החשמונאים שהכתיר את עצמו בתואר מלך. אחרי מותו עלה לשלטון אלכסנדר ינאי (76-103 לפני סה"נ). הוא הירבה במלחמות כיבושים - בעמק החוף, בעבר הירדן ובנגב - אך הקניט את המוני העם עד כדי מלחמת אזרחים. אלמנתו שלומציון, או שלומית אלכסנדרה, (67-76 לפני סה"נ) פייסה את ההמונים וקירבה אליה את סיעת הפרושים. בימיה פסקה התרחבות המדינה.

המלחמה שהתנהלה בין האחים הורקנוס השני ואריסטובלוס השני, בניה של שלומית, סייעה לרומאים להכריע את המדינה (63 לפגי סה"נ). הם הורידו את הורקנוס מדרגת "מלך" ל"נשיא", ומאז שנת 47 לפני סה"נ אף מינו "משגיח" עליו. היה זה אנטיפאטר, פקידו לשעבר, מקרב הגרים האדומים, שקיבל אזרחות רומית. ניסיונות בית אריסטובלוס להשתלט על המדינה נגד רצון הרומאים, תוך הסתייעות בפרתים, שליטי פרס וארם-נהריים ויריביהם של הרומאים, גרמו להחלטת הרומאים לחסל את השלטון החשמונאי. בימי הפלישה המליכו הפרתים את מתתיהו אנטיגנוס (37-40 לפני סה"נ), אחרון המלכים החשמונאים, אך עם נסיגתם בטל שלטונו.
הרומאים הכירו בהורדוס, בנו של אנטיפאטר, בתור מלך (40 לפני סה"נ) ואיפשרו לו לכבוש את המדינה (37 לפני סה"נ). הוא נשא לאשה את מרים החשמונאית, אך ברוב חשדנותו רדף את צאצאיו החשמונאים ואף הוציא להורג את אשתו ואת בניו.

לעיון נוסף:

מפת התפשטותה של המדינה החשמונאית
המרד : פרוץ המרד והנהגתו של מתתיהו